A Magyar Gasztroenterológiai Társaság Colon Szekciójának célja, hogy a bármilyen bélbetegségben szenvedő magyarországi betegek ellátásának szín vonalát javítsa. E célt egyrészt a szakmai közösség munkájának segítésén keresztül, másrészt a betegszervezete és a betegek közvetlen támogatásán keresztül szeretnénk megvalósítani. A Szekció további célja, hogy az ellátó rendszer egyes résztvevői, az ellátásban érdekelt cégek, illetve a finanszírozó és döntéshozók közti kommunikációt elősegítse. 

A szakmai munka javításának érdekében a Szekció szervezi a hazai gasztroenterológiai munkahelyek közti kapcsolat-fenntartást. Ennek eszközei a Szekció éves saját konferenciájának megszervezése, a MGT éves konferenciáján való aktív részvétel, illetve egyéb szakmai aktualitásokhoz kapcsolódó rendezvények szervezése vagy annak elősegítése. További célunk, hogy internetes honlap létrehozásával az egyes munkahelyek és azok szakdolgozói (gasztroenterológus és sebész szakorvosok, szakorvos jelöltek, endoscopos szakasszisztensek, a betegek ellátásában résztvevő egyéb szakemberek) közti információ-áramlást javítsuk. A betegellátás javítását szolgáló kapcsolatrendszer kiépítésén túl célunk az egyes munkahelyeken folyó kutatási munkák összehangolásának segítése.

A Szekció ugyanilyen fontos célja a betegszervezetek munkájának segítése és a betegek megfelelő tájékoztatásának szervezése. A betegszervezetek munkáját a Szekció által szervezett vagy támogatott konferenciákon való megjelenési lehetőség biztosításával, a betegszervezeti gyűléseken igény szerint tartott előadásokkal, szakmai tájékoztató anyagok készítésével tervezi. A betegek közvetlen tájékoztatását a honlapon megjelenítendő szakmai állásfoglalásokkal, tájékoztató anyagokkal valósítja meg.

Az ellátórendszer résztvevői, az ellátásban érdekelt cégek, illetve a finanszírozó és döntéshozó hivatalok közti információcserét szakmai ajánlások elkészítésével, a betegek és betegszervezetek igényeinek rendszerezésével és közvetítésével, a különböző finanszírozói és döntéshozói fórumokba igény szerinti szakember delegálásával segítené elő.